L'histoire tourne autour du Professeur Layton et de Luke, son assistant. Tous deux sont invités à Saint Mystère par Lady Dahlia Reinhold, veuve du Baron Augustus Reinhold, afin de résoudre le mystère de la Pomme d'Or, héritage de son défunt mari. Le Baron a décidé dans ses dernières volontés et son testament que quiconque résoudrait ce mystère, hériterait de tout ce qu'il possédait. Personne au village ne sait ce qu'est la Pomme d'Or.