L'histoire commence par la réception d'une lettre de Luke envoyée… 10 ans dans le futur. En enquêtant sur la disparition du premier ministre britannique, Bill Hawks, le Professeur Layton et son jeune assistant se retrouvent propulsés 10 ans plus tard, avec un nouveau mystère à percer. La lettre leur dit d'aller à l'horlogerie de Midland Road, à Londres. Spyrale et Foliot, propriétaires, posséderaient une horloge permettant de voyager dans le temps.