
L'histoire tourne autour du Professeur Layton et de son jeune apprenti Luke, qui vont rencontrer le mentor de Layton qui leur a envoyé une lettre au sujet d'une mystérieuse boîte. Andrew Schrader écrit qu'il souhaite que le Professeur Layton s'occupe de cette affaire s'il devait lui arriver quelque chose. Layton et Luke arrivent à son domicile et le trouvent évanoui dans de mystérieuses circonstances. Dès lors, le duo, accompagnés de Flora Reinhold, voyage pour découvrir les secrets de la "Boîte de Pandore".